在宝山区注册公司后，如何处理商业秘密是一个至关重要的问题。商业秘密的保护对于公司的长期发展至关重要，不仅涉及到公司的核心竞争力，还关系到客户信任和市场地位。因此，制定有效的商业秘密保护策略是每个企业都必须认真对待的事项。

一、明确商业秘密范围

1、商业秘密的范围不仅包括技术机密，还包括客户清单、销售策略、财务数据等公司重要信息。

2、公司应当通过内部政策或协议明确商业秘密的内容和范围，以便员工清楚了解应当保密的信息。

3、定期审查和更新商业秘密范围，以确保新的信息得到充分保护。

4、建立商业秘密清单，对公司的各项机密信息进行分类和管理，便于保护和监控。

5、加强对商业秘密的保密意识培训，让员工深刻认识到商业秘密的重要性和保密责任。

二、加强信息技术安全

1、采取有效的网络安全措施，包括防火墙、加密技术、访问控制等，防止黑客和恶意软件的攻击。

2、建立严格的权限管理制度，限制员工对敏感信息的访问和操作权限，避免信息泄露的风险。

3、定期进行安全漏洞扫描和风险评估，及时发现和解决潜在的安全隐患。

4、加强对移动设备的管理，采取远程锁定和数据擦除等措施，防止商业秘密因设备丢失或被盗而泄露。

5、建立备份和恢复机制，确保关键数据的安全性和可靠性，防止因意外事件导致的信息丢失。

三、加强员工管理

1、签订保密协议，明确员工对商业秘密的保密责任和义务，约束员工在离职后的行为。

2、建立内部监控机制，对员工的行为进行监控和审查，及时发现并处理内部的安全威胁。

3、加强对员工的培训和教育，提高员工对商业秘密保护的认识和意识，降低因员工失误导致的信息泄露风险。

4、建立奖惩机制，对保密工作表现突出的员工给予奖励，对违反保密规定的员工进行惩罚，形成良好的保密氛围。

5、加强与外部供应商和合作伙伴的管理，签订保密协议，确保外部人员不会获取公司的商业秘密。

四、法律保护和应对措施

1、注册商标和专利，将公司的核心技术和产品进行合法保护，防止他人对公司的商业秘密进行侵权。

2、定期进行商业秘密保护政策的审查和更新，确保政策符合法律法规的要求，提高保密工作的合规性。

3、建立应对商业秘密泄露事件的应急预案，明确责任人和应对流程，及时采取措施限制损失。

4、与律师事务所建立合作关系，及时咨询法律意见，保护公司的合法权益。

5、在商业合同中明确商业秘密的保护条款，对违反保密协议的行为进行法律追究。

综上所述，针对在宝山区注册公司后如何处理商业秘密，公司应当采取多种手段和措施，从明确商业秘密范围、加强信息技术安全、加强员工管理以及法律保护和应对措施等方面综合考虑，建立健全的商业秘密保护体系，确保公司核心竞争力和长期发展。只有这样，公司才能在竞争激烈的市场中立于不败之地。