一、了解申请商标注册的基本流程

在宝山区申请注册境外公司的商标注册证书，首先需要了解申请商标注册的基本流程。在中国，商标注册由国家知识产权局负责管理，具体操作流程包括商标初审、公告、审查、注册等环节。针对境外公司在宝山区注册商标，需要先行了解申请条件、材料要求以及法律法规的相关规定。

二、确定商标注册的适用类别和范围

在申请商标注册证书之前，必须确定商标注册的适用类别和范围。商标类别根据商品或服务的不同划分为不同的类别，申请人需要根据自己公司的经营范围选择适用的类别。同时，商标的注册范围也需谨慎确定，确保商标的保护范围能够覆盖公司的核心业务。

三、准备申请商标注册的必备材料

准备申请商标注册证书所需的材料是整个申请过程中的关键一步。一般而言，申请人需要准备好商标申请书、商标样品、商标授权委托书等必备材料，并确保材料的真实性和完整性。针对境外公司申请商标注册，还需要提供境外公司的相关证明文件，如注册证书、营业执照等。

四、提交申请并积极配合相关部门的审查工作

提交商标注册申请后，需要积极配合相关部门的审查工作。在宝山区，商标注册申请经过初审、公告、审查等多个环节，申请人需要随时关注申请进展，并按要求提供补充材料或解释。此外，及时缴纳相关费用也是确保申请顺利进行的重要步骤。

五、妥善处理可能出现的异议和复审情况

在商标注册过程中，可能会出现他人对商标注册的异议或需要复审的情况。对于境外公司而言，可能涉及跨境商标权纠纷，因此需要及时妥善处理可能出现的异议，并配合相关部门进行复审工作。在处理异议和复审过程中，保持沟通和协商，是解决纠纷的有效途径。

六、保护注册商标权益，及时进行续展和管理

一旦商标注册成功，境外公司需要及时保护注册商标的权益，定期进行商标续展和管理。商标注册证书是公司核心资产之一，有效维护商标权益有助于提升公司品牌形象和市场竞争力。因此，境外公司需要建立健全的商标管理制度，加强商标保护意识，确保商标权益不受侵害。

综上所述，境外公司在宝山区申请注册商标注册证书，需要熟悉申请流程，确定适用范围，准备必备材料，积极配合审查工作，妥善处理异议和复审情况，并保护注册商标权益。