一、法律法规

在宝山区注册公司是否需要申请特许经营许可证，首先需要考虑的是相关的法律法规。根据《中华人民共和国特许经营管理条例》规定，特许经营需要经过特许经营许可证的批准。然而，这并不意味着所有在宝山区注册的公司都需要申请特许经营许可证。根据《上海市特许经营管理暂行办法》，对于一些特定的行业或业态，可能需要申请特许经营许可证，而对于其他行业，可能则不需要。因此，要确定是否需要申请特许经营许可证，需要详细了解相关的法律法规。

特许经营许可证的申请程序通常包括提交相关资料、经过审查和批准等环节。这需要公司花费一定的时间和精力，因此在决定是否申请特许经营许可证时，公司需要权衡利弊，并且确保自身的经营行为符合法律法规的要求。

二、行业属性

公司所在的行业属性也是决定是否需要申请特许经营许可证的重要因素之一。一些特许经营许可证的申请要求与行业相关，例如连锁快餐、咖啡连锁店等行业通常需要申请特许经营许可证。这是因为这些行业的经营模式、品牌形象等具有一定的特殊性，需要经过特许经营许可证的授权。

然而，并不是所有行业都需要申请特许经营许可证。一些传统行业或者服务性行业可能并不涉及特许经营，因此不需要申请特许经营许可证。因此，在决定是否申请特许经营许可证时，公司需要对自身所在的行业属性进行详细分析，了解行业的特点和相关法规。

三、品牌授权

特许经营许可证的申请通常涉及到品牌授权的问题。对于一些知名品牌的特许经营，通常需要经过品牌方的授权才能进行。这意味着公司在申请特许经营许可证之前，需要与品牌方进行沟通，并且达成特许经营的授权协议。

品牌授权不仅涉及到经济利益的分配，还涉及到品牌形象、管理标准等方面的问题。因此，在申请特许经营许可证时，公司需要与品牌方保持良好的沟通和合作关系，确保经营活动符合品牌方的要求，同时也保护自身的利益。

四、市场需求

最后，市场需求也是决定是否申请特许经营许可证的重要因素之一。特许经营通常是基于市场需求而展开的，品牌方通过特许经营的方式将自身的产品或服务推广到更广泛的市场。因此，公司在决定是否申请特许经营许可证时，需要对市场需求进行充分的调研和分析。

如果市场对特许经营品牌有较高的认可度和需求量，那么申请特许经营许可证可能是一个较为合适的选择。然而，如果市场需求较低或者已经饱和，那么申请特许经营许可证可能并不会带来明显的经营优势。因此，在决定是否申请特许经营许可证时，公司需要综合考虑市场需求、竞争情况等因素。

综上所述，是否需要在宝山区注册公司申请特许经营许可证，取决于多个因素的综合考虑。公司需要根据相关的法律法规、行业属性、品牌授权和市场需求等因素，权衡利弊，做出符合自身发展需要的决策。