一、办理税务登记

在上海宝山注册公司后，首先需要办理税务登记。税务登记是公司获得合法发票的前提条件。在办理税务登记时，需要准备好公司的营业执照、法定代表人身份证明、公司章程等相关材料，前往当地税务局办理登记手续。

税务登记完成后，公司将获得税务登记证，并被分配一个税务登记号码，这是申请发票的必备条件。

二、开立发票申请

公司在办理完税务登记后，即可向税务局申请开具发票。一般而言，公司可以选择线上或线下方式提交发票申请。

线上申请通常通过税务局官方网站或相关移动应用完成，需要填写公司基本信息、发票类型、发票数量等相关信息，并上传相应的证明材料。

而线下申请则是前往当地税务局柜台，填写发票申请表格，提交相关材料，并由工作人员办理开票手续。

三、等待审核和领取

提交发票申请后，税务局将对申请进行审核。审核的时间一般为3至5个工作日，具体时间会因地区政策和申请量而有所不同。

审核通过后，公司可以前往税务局领取开具好的发票。在领取时需要携带税务登记证和其他相关证明文件，并确认发票的准确性。

四、遵守相关规定

在申请发票的过程中，公司需要遵守相关法律法规和税务政策。例如，严格按照发票使用规定使用发票，不得私自转让、挂失、冒用发票等。

同时，公司需要及时更新税务登记信息，如发生法人变更、地址变更等情况，应当及时办理变更手续，以确保发票的合法有效性。

五、建立健全的发票管理制度

为了规范公司的财务管理，建议公司建立健全的发票管理制度。制定发票管理流程、责任制度，明确发票的领用、使用、存储、销毁等各个环节的操作规范。

同时，加强内部控制，确保发票管理的合规性和安全性，防止发票丢失、冒领等情况的发生。

六、定期进行发票核对和报销

公司在使用发票进行报销时，应当严格按照税务规定进行报销流程。定期对发票进行核对，确保发票的真实性和合规性。

建议公司设立专门的财务岗位负责发票管理和报销工作，确保公司的财务运作正常有序。

综上所述，上海宝山注册公司后申请发票的流程主要包括办理税务登记、开立发票申请、等待审核和领取、遵守相关规定、建立健全的发票管理制度以及定期进行发票核对和报销等方面。公司在申请发票过程中，需要严格遵守税法规定，建立完善的内部管理制度，以确保发票的合法有效使用。